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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

陈茂波预计2023年香港经济将正增长******

  中新社香港1月6日电 香港特区政府财政司司长陈茂波6日出席“中总论坛——增强发展动能、提升竞争优势”并发表致辞表示,内地和香港“通关”对香港多个行业有帮助,预计2023年香港的经济是正增长。

  陈茂波表示,2022年环球经济受地缘政治局势、供应链和高通胀率等问题影响,各地中央银行加息和收紧金融状况,令环球金融市场波动比较大。但内地在过去这段时间是环球经济的稳定器。

  他解释,虽然内地也受疫情的影响,但内地的政策空间亦比较多。最近中央经济工作会议就提出“稳”字当头,要稳经济、稳增长,预料内地经济在今年仍然会有稳定的增长,香港作为一个细小经济体,内地的经济情况与香港是最相关的,亦为香港提供最坚实的支持。

  他认为,内地的经济持续增长对于香港的转口、以及出口到内地的运输业务都会有帮助。随着内地和香港“通关”有秩序落实,今年不管是消费或投资信心,都预计会增强。

  他指出,“通关”后我们不会期望立即回到疫情前的旅客量,但内地旅客陆续来港,对香港的旅游、消费、零售和餐饮业等都会有帮助。我们估计今年香港的经济是正增长,但通胀会比去年高。(完)

中国网客户端

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